Der Iran ist seit vielen Jahren ein zentraler Konfliktherd im Mittleren Osten. Die iranische Regierung unterstützt terroristische Gruppierungen in verschiedenen Staaten und hat wiederholt das Existenzrecht Israels in Frage gestellt. Nicht zuletzt wegen des iranischen Atomprogramms stellt diese Politik eine Gefährdung der Stabilität in der Region dar. Trotz gegenteiliger Behauptungen und im Widerspruch zur Unterzeichnung des Verbots der Verbreitung von Atomwaffen ist eine atomare Bewaffnung des Iran im Bereich des Möglichen.
Ziel der europäischen Politik ist es, den Iran am Verhandlungsweg von der Notwendigkeit eines Verzichts auf die Atombombe zu überzeugen. Die EU hat am 24.1.2012 im Einklang mit den USA weitreichende Sanktionen beschlossen um den Iran zu einer diplomatischen Lösung zu bewegen. Josef Weidenholzer kritisierte in der Sitzung der Iran-Delegation vom 25.1.2012 und im Plenum des EP vom 1.2.2012 die unzureichende Strategie von Cathy Ashton:
„Es gibt leider keine ausreichende Strategie im Atomstreit mit dem Iran. Wir brauchen hier Peitsche und Karotte, um an für beide Seiten brauchbare Lösungen zu kommen.“ Josef Weidenholzer.
Josef Weidenholzer setzte sich in der Plenardebatte auch dafür ein, dass Europa auf militärische Optionen von vornherein verzichtet. Die Unterstützung der demokratischen Opposition hält er für eine vordringliche Aufgabe. Schon seit seiner Studienzeit interessiert sich Weidenholzer für den Iran und hat viele persönliche Kontakte zu Menschen im Iran und zu AuslandsiranerInnen.